Germany
May 13, 2020
Patrick König, wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Informationstechnologie am IPK, hat ein Webportal für die Daten aus dem BRIDGE-Projekt entwickelt. Welche Möglichkeiten der Nutzer hat, warum das Vorhaben den FAIR-Prinzipien entspricht und welche Bedeutung seine erste Publikation für ihn hat, erklärt der 35-jährige Wissenschaftler im Interview mit Christian Schafmeister.
- Herr König, Sie haben seit 2018 ein Webportal für die Daten aus dem BRIDGE-Projekt entwickelt. Über Ihre Arbeit ist nun eine Publikation im Journal „Frontiers in Plant Sciences“ erschienen. Das macht einen doch sicher stolz, oder?
Ja, das ist schon eine Anerkennung für die Arbeit, die meine Kollegen und ich zusammen geleistet haben und für mich persönlich ein kleiner Meilenstein. Es ist die erste Publikation, bei der ich der Hauptautor bin. Damit ist es für mich natürlich auch eine besondere Veröffentlichung.
- Über das BRIDGE-Projekt, an dem Nils Stein und Martin Mascher vom IPK maßgeblich beteiligt waren, ist viel berichtet worden. Was zeichnet dieses Projekt aus?
Erstmals wurde damals die Gersten-Sammlung der Genbank am IPK komplett molekulargenetisch untersucht und beschrieben. Dabei ging es um ca. 22.000 Saatgutmuster, das war also ein enormer Aufwand. Doch der hat sich gelohnt: Ermöglicht wurde damit ein Überblick über die genetische Vielfalt der Gersten-Sammlung.
- Was ist der praktische Nutzen?
Zum einen ist es wie eine Art Inventur in der Genbank des IPK. So konnten beispielsweise Duplikate identifiziert werden. Zum anderen können die Ergebnisse über die genetischen Informationen in die weitere Forschung und Züchtung einfließen. BRIDGE ist also ein Start für weitere Studien, es handelt sich also um eine Art Stufenmodell, ein Schritt nach dem anderen.
- Wie ordnet sich da das von Ihnen entwickelte Webportal ein?
Ziel des Webportals ist es, die gewonnenen Daten interaktiv zu visualisieren. Es handelt sich also um eine Art Werkzeug für Wissenschaft und Züchtung, mit dem die jeweils gewünschte Informationen extrahiert werden können.
- Welche Möglichkeiten bietet das Webportal?
Der Nutzer kann sich dort nach seinen Wünschen und Kriterien Akzessionen zusammenstellen. Das ist vergleichbar mit einem Online-Shop, in dem sie die gewünschten Produkte in einen Warenkorb packen. Dafür gibt es verschiedene Einstiegspunkte.
- Können Sie das etwas konkreter fassen?
Es gibt eine Funktion, in der ein Filter in der Datenmenge Akzessionen mit bestimmten Merkmalen oder Kombination von Merkmalen heraussucht. Dabei kann es um Sommer- oder Wintergerste ebenso gehen wie um Farbe der Samenkörner oder Informationen zu der Sammelreise, bei der sie gefunden wurden. Darüber hinaus gibt es eine Weltkarte, auf der Punkte den Ursprungsort einer Akzession anzeigen. Um diesen Ort können sie einen Kreis ziehen und danach alle Informationen zu ähnlichen Akzessionen innerhalb des Kreises auswählen und speichern. Streudiagramme wiederum kondensieren die umfangreichen genetischen Informationen in zweidimensionaler Art und Weise. Damit wird die Varianz - und somit die Populationsstruktur innerhalb der genetischen Daten - deutlich sichtbar. Und mit einem eigenen Browser können sie sich den genetischen Fingerabdruck einer Akzession anschauen, also auf der Ebene der DNA-Bausteine.
- Und was passiert mit den Daten, die ich in meinem Warenkorb habe?
Sie können diese Daten in standardisierten Dateiformaten exportieren. Damit soll der Datenaustausch einfacher werden. Dieser Ansatz entspricht den FAIR-Prinzipien, nach den Daten auffindbar („findable“), zugänglich („accessable“), interoperabel („interoperable“) sowie wiederverwendbar („reusable“) sein sollen. Letztlich ist das Webportal also ein Modul in einem Getriebe, in dem ein Rädchen ins andere greift.
Der Link zum Webportal: bridge.ipk-gatersleben.de
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